Introduction to Microbial Genomics & Metagenomics

Nie są wymagane żadne specjalne przygotowania do tego kursu poza znajomością ogólnych pojęć biologicznych i zainteresowaniem nauką analizy danych sekwencji DNA dla genomiki drobnoustrojów.

Kurs ten stanowi wprowadzenie do genomiki drobnoustrojów. Treść ma na celu zapewnienie podstawowego praktycznego szkolenia w zakresie analizy danych, narzędzi i zasobów dla bioinformatyki mikrobiologicznej i metagenomiki.

Kto powinien wziąć udział? Mikrobiolodzy, wykładowcy, doktorzy habilitowani, absolwenci, pracownicy naukowi i badacze przemysłowi zainteresowani genomiką drobnoustrojów.

Format kursu Tematy będą dostarczane przy użyciu mieszanki wykładów (20%), sesji praktycznych (60%) i otwartych dyskusji (20%); Praktyczna praca podczas kursu będzie wykorzystywać małe przykładowe zestawy danych, ale możliwa jest praca na danych osobowych. Ten kurs odbędzie się w laboratorium komputerowym, które ma komputery stacjonarne z systemem Microsoft Windows OS z szybkim połączeniem internetowym.  Możesz jednak użyć własnego laptopa, tylko upewnij się, że masz Chrome lub Firefox i masz zainstalowaną najnowszą wersję Java. 

Podczas kursu omówione zostaną kluczowe zasoby internetowe, podejścia i metodologie analizy danych dotyczących sekwencji DNA na potrzeby genomiki drobnoustrojów. Do najważniejszych tematów, które zostaną poruszone, należeć będą:

Metagenomika 16S/18S i identyfikacja gatunków. Typowanie sekwencji wielu locus. Profilowanie SNP i plazmidów. Filogeneza oparta na SNP. Przewidywanie mechanizmu oporności na antybiotyki.