Fiji: Image Processing for Biotechnology and Toxicology

• Podstawowa znajomość pojęć związanych z obrazowaniem biologicznym
• Znajomość mikroskopii i technik histologicznych
• Podstawowa znajomość komputerów

Grupa docelowa

• Badacze w dziedzinie biotechnologii i toksykologii środowiskowej
• Technicy laboratoryjni pracujący z obrazowaniem histologiczno-cellularnym
• Naukowcy zainteresowani analizą obrazów ilościową

Fiji to pakiet open-source do przetwarzania obrazów oparty na ImageJ, dostosowany do analizy naukowych obrazów, zwłaszcza w badaniach biologicznych.

Ten prowadzony przez instruktora kurs (online lub na miejscu) jest skierowany do początkujących do średnio zaawansowanych badaczy i profesjonalistów laboratoryjnych, którzy chcą przetwarzać i analizować obrazy związane z tkankami histologicznymi, komórkami krwi, glonami i innymi próbkami biologicznymi.

Po zakończeniu tego szkolenia uczestnicy będą mogli:

• Nawiadywać się w interfejsie Fiji i wykorzystywać funkcje rdzenne ImageJ.
• Przetwarzać i poprawiać naukowe obrazy w celu lepszej analizy.
• Analizować obrazy ilościowo, w tym liczenie komórek i pomiar powierzchni.
• Automatyzować powtarzające się zadania za pomocą makr i wtyczek.
• Dostosowywać przepływy pracy do konkretnych potrzeb analizy obrazów w badaniach biologicznych.

Format kursu

• Interaktywne wykłady i dyskusje.
• Wiele ćwiczeń i praktyki.
• Ręczne implementacje w żywym środowisku laboratoryjnym.

Opcje dostosowania kursu

• Aby zapytać o dostosowany kurs dla tego kursu, skontaktuj się z nami, aby umówić się.

Wprowadzenie do Image Processing for Biotechnology and Toxicology oraz ImageJ

• Przegląd Image Processing for Biotechnology and Toxicology oraz jego zastosowań w badaniach naukowych
• Zrozumienie architektury ImageJ oraz wtyczek
• Instalowanie i konfigurowanie Image Processing for Biotechnology and Toxicology dla optymalnej wydajności

Podstawowe techniki przetwarzania obrazów

• Nabywanie obrazów i formaty importu
• Dostosowywanie kontrastu, jasności oraz zastosowanie filtrów
• Stosowanie zdjęć i metody projekcji

Zaawansowane przetwarzanie obrazów

• Techniki segmentacji: progowania oraz wykrywania krawędzi
• Liczenie obiektów i analiza cząstek w próbkach histologicznych
• Mierzenie powierzchni, obwodów oraz innych cech morfologicznych

Pracowanie z próbkami histologiczno-biologiczno-mikrobiologiczno-toksykologicznymi

• Przetwarzanie obrazów tkanek histologicznych, krwinek oraz glonów
• Dekonwolucja koloru i analiza barwionych tkanek
• Analiza sekwencji czasowych i śledzenie ruchu komórek

Automatyzacja i dostosowywanie

• Tworzenie i uruchamianie makr dla powtarzających się zadań
• Używanie wtyczek Image Processing for Biotechnology and Toxicology do specjalistycznych analiz
• Podstawowe skryptowanie za pomocą języka makr ImageJ (IJM)

Generowanie raportów i raportowanie

• Eksportowanie wyników i generowanie raportów
• Annotowanie obrazów oraz przygotowywanie danych do publikacji
• Najlepsze praktyki dotyczące powtarzalnego przetwarzania obrazów

Podsumowanie i następne kroki