Programming for Biologists

Podstawowa wiedza biologiczna na temat sekwencji białek, RNA i DNA.

Jest to praktyczny kurs, który pokazuje, dlaczego programowanie jest potężnym narzędziem w kontekście rozwiązywania problemów biologicznych. Podczas kursu uczestnicy będą uczyć się języka programowania Python, języka powszechnie uważanego zarówno za potężny, jak i łatwy w użyciu. Kurs ten można uznać za demonstrację tego, jak bioinformatyka poprawia życie biologów.

Kurs jest przeznaczony dla osób bez wykształcenia informatycznego, które chcą nauczyć się programować.

Ten kurs jest odpowiedni dla:

• Naukowców zajmujących się danymi biologicznymi.
• Naukowców, którzy chcieliby nauczyć się automatyzować codzienne zadania i analizować dane.
• Menedżerów, którzy chcą dowiedzieć się, w jaki sposób programowanie usprawnia przepływ pracy i prowadzenie projektów.

Pod koniec kursu uczestnicy będą mogli pisać krótkie programy, które pozwolą im manipulować, analizować i radzić sobie z danymi biologicznymi oraz prezentować wyniki w formacie graficznym.

Wprowadzenie do języka programowania Python

• Dlaczego Python?
• Używanie Python do pracy z danymi biologicznymi
• Praca z powłoką iPython
• Twój pierwszy program
• Pisanie skryptów Python
• Importowanie modułów

Praca z sekwencjami białek i RNA/DNA

• Znajdowanie motywów
• Transkrypcja i translacja in silico
• Obsługa dopasowań sekwencji

Analizowanie danych w różnych formatach biologicznych

• Analizowanie FASTA
• Konwersja formatów danych

Przeprowadzanie analiz biologicznych

• BLAST
• Biologiczne usługi internetowe Access

Radzenie sobie z biologicznymi strukturami 3D przy użyciu Python

Python ułatwia analizę statystyczną

Wizualizacja danych

• Tworzenie wykresów słupkowych i punktowych
• Obliczanie obszaru pod krzywą (AUC)

Praca z plikami .xls i .csv

• Importowanie i eksportowanie danych z MS Excel / OpenOffice Calc
• Tworzenie plików .xls i .csv

Używanie Python do tworzenia potoku automatycznego przetwarzania danych