Programming for Biologists

有關蛋白質、RNA 和 DNA 序列的基本生物學知識。

這是一門實踐課程，它展示了為什麼程式設計在解決生物學問題的背景下是一個強大的工具。在課程中，參與者將學習 Python 程式設計語言，這種語言被廣泛認為既強大又易於使用。這門課程可以被視為生物資訊學如何改善生物學家生活的示範。

該課程是為沒有計算機科學背景但想學習程式設計的人設計的。

本課程適合：

• 處理生物數據的研究人員。
• 想要學習如何自動執行日常任務和分析數據的科學家。
• 想要了解程式設計如何改進工作流程和開展項目的經理。

在課程結束時，參與者將能夠編寫簡短的程式，這將使他們能夠操縱、分析和處理生物數據，並以圖形格式呈現結果。

Python 程式設計語言簡介

• 為什麼 Python？
• 使用Python處理生物數據
• 使用 iPython shell
• 您的第一個專案
• 編寫 Python 腳本
• 匯入模組

處理蛋白質和 RNA/DNA 序列

• 尋找動機
• 計算機類比轉錄和翻譯
• 處理序列對齊

解析不同生物格式的數據

• 解析 FASTA
• 數據格式轉換

運行生物分析

• 爆炸
• AccessING 生物網路服務

使用 Python 處理生物 3D 結構

Python 便於統計分析

可視化數據

• 創建條形圖和散點圖
• 計算曲線下面積 （AUC）

處理 .xls 和 .csv 檔

• 從 MS Excel / OpenOffice Calc 導入和匯出數據
• 寫入 .xls和 .csv 檔

使用 Python 建立自動化數據處理管道