Programming for Biologists

有关蛋白质、RNA 和 DNA 序列的基本生物学知识。

这是一门实践课程，它展示了为什么编程在解决生物学问题的背景下是一个强大的工具。在课程中，参与者将学习 Python 编程语言，这种语言被广泛认为既强大又易于使用。这门课程可以被视为生物信息学如何改善生物学家生活的示范。

该课程是为没有计算机科学背景但想学习编程的人设计的。

本课程适合：

• 处理生物数据的研究人员。
• 想要学习如何自动执行日常任务和分析数据的科学家。
• 想要了解编程如何改进工作流程和开展项目的经理。

在课程结束时，参与者将能够编写简短的程序，这将使他们能够操纵、分析和处理生物数据，并以图形格式呈现结果。

Python 编程语言简介

• 为什么 Python？
• 使用Python处理生物数据
• 使用 iPython shell
• 您的第一个项目
• 编写 Python 脚本
• 导入模块

处理蛋白质和 RNA/DNA 序列

• 寻找动机
• 计算机模拟转录和翻译
• 处理序列对齐

解析不同生物格式的数据

• 解析 FASTA
• 数据格式转换

运行生物分析

• 爆炸
• AccessING 生物网络服务

使用 Python 处理生物 3D 结构

Python 便于统计分析

可视化数据

• 创建条形图和散点图
• 计算曲线下面积 （AUC）

处理 .xls 和 .csv 文件

• 从 MS Excel / OpenOffice Calc 导入和导出数据
• 写入 .xls 和 .csv 文件

使用 Python 创建自动化数据处理管道